Sadamoto was the original character designer for the anime with Hideaki Anno as the supervisor and animated only part of the original anime for the purpose of writing the manga version. However, in the early days, he was involved in some way up to the sixth episode by coming up with ideas, and in the 24th episode he was the animation supervisor.

Like the anime, the manga is focused on Shinji Ikari, a teenage boy who was recruited by his father Gendo to the shadowy organization NERV to pilot a giant bio-machine mecha named "Evangelion" into combat against beings called "Angels". The plot, however, features numerous small differences from the plot of the anime, including Toji Suzuhara's death, the omission of five Angels, and an earlier introduction of Kaworu/Tabris. Shinji's character and personality, alongside various other characters from the series, such as Asuka Langley Soryu's, are also slightly different in the manga.

The manga volumes do not always begin or end at points corresponding to episode breaks. Volume 10, for example, begins halfway through the battle with Armisael in episode 23, while Volume 11 adapts the events depicted in episode 24 and the first several minutes of End of Evangelion.