Set two years after the ending of the original series, it follows the story of Haise Sasaki, Ken Kaneki's new identity, who is a member of the CCG and the leader of the Quinx Squad, a group of half-ghoul, half-human hybrids who use their ability to attack and defeat ghouls.

故事緊接漫畫第一部《東京喰種》的結尾，剛成為CCG三等搜查官的佐佐木琲世，跟隨真戶曉學習一等搜查官的搜查技術。兩年後，佐佐木已成為一等搜查官，並且是「昆克斯班」的指導者，帶領着四名下屬進行各種搜查工作...