Fire Punch takes place on an Earth that has become frozen over and barren, purportedly at the hands of a being known as the Ice Witch. The witch is among a few who possess special abilities known as "blessings". The protagonist, Agni has the blessing of regeneration, along with his sister Luna. They help the few elders in the village subsist on the meat of Agni's severed arms. One day, their village is visited by a blessed named Doma who offers to take Agni to his city of Behemdorg. Doma, disgusted at their practice of cannibalism, immolates the inhabitants with his inextinguishable flames. Luna, whose regeneration is slower, also succumbs, but not before imploring Agni to "live".

Constantly on fire, Agni's body breaks down and regenerates, leaving him in anguish. Over eight years, he is able to control his body again, vowing to get revenge on Doma. Agni comes across a convoy of slaves to Behemdorg and kills the soldiers. A boy named Sun (blessed with the power to generate electricity), who thinks Agni is a god, follows him. Later, more soldiers find Agni, and one of them, Judah, a blessed resembling Luna, beheads him. They take him to Behemdorg, and Sun is tied up and made to generate power for the city. A repentant Doma asks Agni for forgiveness, but does not allow Agni to kill him~