禦宅族高中生吾妻晴被父親帶到肯亞，表面上是為了進行非洲草原旅遊心理治療，實際上父親卻想殺了他以領取保險金。然而阿晴不單並沒有死，反而跟作為「曾經是萬物的一部分、所有生物的根源、毀滅一切使之前進的力量的意誌統合體」的病毒Will交換契約，成為新人類Omega。自此以後，阿晴得到超乎常人的運動能力，凡接觸他的體液的人，會受感染而死亡或被同化成為族人。從鬼門關重拾生命並得到新力量的他產生翻天覆地的改變。在受到另一位次世代新人類伊芙的刺激之後，阿晴決心在三年後的日本发動政變。為此他悉心挑選幹部，在民間吸納無法被社會認同而改變無路的人，在軍政界爭取在二戰後不滿日本受列強所製的人，在國外爭取支援，並派得力助手原暴走族集團總長梶秋一進入政壇。世上的其餘5個Omega（同時亦是政治領袖－－中東油王王子、美國總統夫人、中國富豪、羅馬教宗、神秘人）亦因為阿晴的出現而分別進行拉攏或打擊。