（本作為03版動畫的漫畫版）
科學省首席天馬博士的兒子飛雄（Tobyo）在一次車禍中喪生，悲痛欲絕的天馬博士以兒子為原型製造了一個人工智能機器人飛雄，並帶著它一起生活。一次因為某種原因，天馬博士停止了飛雄的程序，並毀滅了大部分關於研发“人工智能機器人”的資料後下落不明。後來，接任科學省首席的茶水博士在實驗室內意外发現了停止運轉的飛雄。因此，茶水博士集中全城的電能複活了飛雄並重新為它取名為阿童木(Atom/Astroboy)。堅信著“人類與機器人能成為朋友”這一信念的阿童木，在解決一次又一次的事件中開发了很多潛在的能力，也擁有了一大群人類和機器人的朋友和擁護者，成為了“人類與機器人成為朋友”的橋梁。阿童木和擁護他的朋友一起為了這個目標而不斷努力，最後終於達成了“人類和機器人友好相處”目的，但這只是個開始......