2009年4月。10年前因事故而失去雙親而由親戚養育的主角，因為家庭的事情而轉校到小中一條龍學校“私立月光館學園”的高中部中。在入住學生宿舍後不久，他就被奇形怪狀的怪物“影”襲擊，令隱藏在他體內人格面具的能力蘇醒。因為這個契機，主角被迫知道這個被掩蓋的世界真實的一端。
那就是“影時間”，一天與另一天之間存在著的隱藏時間，“影”就是這個影時間的居民。在影時間中，普通人會變成棺柩形的形態，失去這時的記憶（這稱為“象征化”）。所以大部分的人都不知道影時間的存在，但有一少部分人，在影時間還保持著人的形態，那些人會被影吃掉他們的精神，而成為無力狀態（影人）。
在月光館學園理事長幾月修司下，組成使用人格面具的影討伐部隊“特別課外活動部”。得到特殊人格面具能力的主角被部長桐條美鶴的看中，成為隊員與特別課外活動部的隊長與危害人類的影作戰。