物語は『TL』最終回の數日後から始まる。
ララが結城家の居候となってからリトの日常は大きく変化し、現在の結城家は従來の住人であるリト、結城美柑の兄妹に加え、ララやその妹であるナナ・アスタ・デビルーク、モモ・ベリア・デビルークも居候する狀態となっていた。
姉のララ同様、リトに戀心を寄せるモモは『TL』最終回でリトが春菜に告白しようとする場面を目撃していた。その後、ララの言葉を聞いたモモは、自分やララ、春菜など、リトに思いを寄せる女子が全員幸せになる方法としてリトを中心とした美少女ハーレムを思いつき、その実現を目指して行動を開始する。
一方、リトの命を狙う刺客として登場した殺し屋・ヤミは、リトやララとの交流を経て地球で平穏な生活を送っていたが、ある日ララに1人の少女が話しかけてきた。その少女は黒咲芽亜といい、芽亜のマスター・ネメシスとともに、ダークネスを発現させる「ダークネス計畫」を目論んでいた。
こうしてモモが実現を目指す「ハーレム計畫」と、ヤミをめぐる「ダークネス計畫」の2つの計畫を軸に物語が展開されていく。