日本傳說中的「荒神」，其實是一種以寄生的方式存在的類植物生命體，而荒神散播出的種子則會使得地球回歸成只有植物的綠色大地。
日本神話中的英雄「須佐之男」其實是類植物生命體「荒神」的首領，而他從八歧大蛇口中救出的女孩：奇稻田姬則成了封印荒神的巫女（活的人柱），並且於奇蹈田一族裡代代轉生。一旦巫女因故身亡，那麽所有的荒神也將同時死亡，但巫女活著又會壓制它們的力量。所以歷代的奇稻田姬都會受到嚴密的保護，而荒神們也處於想殺死奇稻田姬卻又得保護她的矛盾之中。
這樣的狀況一直到了近代發生了改變，繼承了奇稻田姬力量的是一對孿生姐妹：「藤宮紅葉」和「藤宮楓」， 由於封印的分散導致其力量減弱，使得荒神們又逐漸恢復了力量，而須佐之男也開始蘇醒。於是荒神們製造了一個結界，準備在裡面殺死紅葉，以確保自身不受影響，但一個神秘的少年「草稚」，卻打算在荒神動手之前搶先殺死紅葉。
原來荒神八岐大蛇將自己的七個魂注入到人類～草稚的體內，並且由草稚來保護楓，以免在成功對付奇稻田前就因楓的死而功虧一簣。沒料到、在保護「楓」的時候，草薙對他動了感情，而在楓死後草薙想殺死紅葉結束自己的命運。然而，漸漸地、他卻對紅葉產生了一份難以言喻的感情……。