背景設定在未來，世界的產業文明達致巔峰後，經歷一場稱為「火之七日」的戰爭而毀於一旦。世界被一種由菌類和巨型昆蟲構成，名叫腐海的新生態體系所掩蓋，僅存的人類生活在小面積土地上，在面對巨型昆蟲和會釋放瘴氣的腐海森林包圍威脅下積極求存。風之谷，一個靠海的小王國因為在海風的庇護下，不被腐海森林的孢子侵入而得以保持原貌。小王國的公主—娜烏西卡，一位善良慈和聰明及勇敢的16歲女孩，擅於駕馭滑翔翼，能知道風及御風，還具備和王蟲溝通的能力。當載著千年前火之七日戰爭中，毀滅大地一切的生化武器「巨神兵」之多魯美奇亞運輸機不幸墜毀於風之谷之後，風之谷和娜烏西卡捲入了爭奪巨神兵的戰爭旋渦中。